马克思主义学院下设机构：

    一、中心

             1. 重庆市高校党建研究咨政中心重庆医科大学分中心        

          2. 医学人文研究中心

     二、部门

           1.学院办公室

           2.马克思主义原理教研室

           3.马克思主义中国化理论教研室

           4.中国近现代史纲要教研室    

           5.德育教研室

           6.形势政策教研室 

     三、校级哲学社会科学创新团队

             1.马克思主义视野下医疗改革与文化建设团队

            2.思想政治教育创新研究团队

            3.医学伦理学研究创新团队